Hastalığın tanısı çölyak hastalığına özgü antikorların kanda belirlenmesi ve endoskopi ile ince bağırsaktan alınan biyopsilerin değerlendirilmesiyle konuyor.
Tanıda en sık, doku transglutaminaz antikoru IgA (tTG testi) ya da Anti-Endomisyum antikoru IgA testi kullanılıyor. Ayrıca genetik testler de uygulanabiliyor. Kesin tanı koymak için bazen endoskopik yöntemle ağızdan onikiparmak bağırsağına girilip, ince bağırsağın üç ayrı yerinden örnek alınıp, dokunun mikroskop altında incelenmesi gerekebiliyor.
Doku örneklerinde, ince bağırsak yüzeyinde emilimi sağlayan parmak şeklinde ve villüs adı verilen yapıların düzleşmesi, yassılaşması çölyak hastalığına işaret ediyor.