Çölyak hastalığı çoğu zaman sinsi ortaya çıkıyor ve tanısı geç konuyor.
Çünkü her hastalığı taklit edebiliyor. Klasik belirtileri halsizlik, ishal, kilo kaybı, şişkinlik, gaz, karın ağrısı olmakla beraber, bazen demir eksikliği anemisi, karaciğer değerlerinde bozukluk, kemik hastalıkları, cilt hastalıkları gibi sindirim sistemi dışı belirtilerle de kendini gösterebiliyor. Besinlerdeki proteinlerin emilememesine bağlı olarak protein eksikliği ve B vitamini eksikliği sonucu oluşan nörolojik belirtiler, D vitamini ve kalsiyum eksikliği sonucu görülen kemik azalması da hastalığın ilk belirtileri olabiliyor. Bu rahatsızlık dudak kenarlarında çatlaklar, ağız içinde geçmeyen yaralarla da kendini gösterebiliyor.
Çocuklarda ise ishal, gelişme geriliği, anemi gibi belirtiler veriyor. Erişkinlerde bazen bir travma, yoğun stres, ameliyat, doğum gibi olaylar sessiz bir çölyak hastalığını aniden ortaya çıkarabiliyor. Geçmiş yıllarda bu hastalığın özellikle çocukluk çağında gelişme geriliği, anemi, ishal ve beslenme bozukluğu ile kendini gösterdiği ve bu dönemin hastalığı olduğu düşünülürken, günümüzde her yaşta ve çok değişik belirtilerle çölyak hastalığına rastlanabileceği biliniyor.